شهید «وارطان آقاخانیان» فرزند ارشد «گابريِل» و «وارتوش» در بهمن سال ١٣٤٩ در تهران به دنیا آمد. تحصیلات مقطع ابتدایی را در دبستان ارامنه «نائیری» به پایان رساند.
دوره راهنمایی را نیز در مدرسه راهنمایی ارامنه «سوقومونیان» تهران به اتمام رساند. پس از پایان دوره راهنمایی، برای ادامه تحصیل به هنرستان فنی «آزادی فلسطین» رفت، لیكن بعد از طی یك سال آموزش، ترك تحصیل نموده و تا زمان رفتن به خدمت سربازی، به فراگیری و سپس كار، در زمینه تراشكاری پرداخت. وی دارای یك برادر و دو خواهر بود. «وارطان» در سن هجده سالگی به خدمت سربازی اعزام گردید. پس از طی دوره آموزشی، به جبهه های جنگ تحمیلی منتقل گشته و سر انجام بعد از ٩ ماه خدمت مقدس سربازی، بر اثر اصابت تركش توپ ارتش بعثی عراق، قهرمانانه در جزیره «مجنون » جنوبی، واقع در منطقه عملیاتی جزیره « خیبر » به شهادت رسید. پیكر شهید «وارطان آقاخانیان» پس از انتقال به تهران و انجام مراسم مخصوص مذهبی در كلیسای «تارگمانچاتس»، با حضور انبوه بی شماری از خویشاوندان، نزدیكان، دوستان و دیگر هموطنان در قطعه شهدای ارمنی جنگ تحمیلی در تهران به خاك سپرده شد.
گفتنی است كه حضرت آیت الله خامنه ای، رهبر فرزانه انقلاب و چند تن از سران وقت ارتش جمهوری اسلامی ایران در منزل شهید بزرگوار حضور یافته و از والدین شهید دلجویی نمودند.

شهید به روایت مادرش:
« «وارطان» پسر مؤدب و سر به زیری بود و هیچ وقت كاری نكرد كه باعث ناراحتی خانواده خود شود. او علاقه زیادی به كارهای دستی داشت و با میل و رغبت فراوان هر آنچه را كه از سوی مدرسه به وی محول میگردید، انجام میداد». به هنگام شهادت «وارطان»، خواهرش سیزده سال بیشتر سن نداشت.
«درس هایش خیلی خوب بود، ولی آخر متوجه نشدیم كه علت ترك تحصیل وی چه بود؟ نمیدانیم چرا دست از تحصیل برداشت. از لحاظ اخلاقی، كلیه اهل محل، دوستان و آشنایان بسیار از او راضی بوده و همه از او به خوبی یاد میكردند. شهید «وارطان آقاخانیان» با متانت خاص خود، هیچگاه از سختی های جبهه در میان خانواده سخنی نگفت».
منبع: گل مریم ، نوشته ی دکتر آرمان بوداغیانس، نشر تسنیم حیات، با همکاری نشر صریر- ١٣٨٥