ساعت ۲۳ بیستم خرداد سال ۱۳۶۰، خبر حکم امام خمینی (ره) به ستاد مشترک ارتش در خصوص «عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا» در رادیو اعلام می‌شود و تنها چند ساعت بعد در بامداد روز ۲۱ خرداد، عملیاتی مشترک توسط نیرو‌های سپاه و ارتش در منطقه عمومی دارخوین و شرق کارون با نام «فرمانده کل قوا خمینی روح خدا» اجرا می‌شود که بعد‌ها به عنوان نقطه عطفی در کارنامه دفاع مقدس جمهوری اسلامی ایران از آن یاد می‌شود.

شب ۲۰ خرداد سال ۶۰ و پس از اعلام خبر عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا، سرلشکر صفوی و شهید باقری در تصمیمی مشترک، نام عملیات را از «امام حسین (ع)» به عملیات «فرمانده کل قوا خمینی روح خدا» تغییر دادند.

اهمیت عملیات موفقیت‌آمیز «فرمانده کل قوا خمینی روح خدا» از چند جهت بود. ابتدا اینکه دیگر بنی‌صدری وجود نداشت که بخواهد به تجهیزات و پیشروی نیرو‌های سپاه و بسیج ایراد بگیرد و مانع انجام آن شود. دوم آنکه دیگر کسی نمی‌توانست ادعا کند که نیرو‌های سپاه فاقد شعور نظامی هستند. سوم آنکه همکاری مثال‌زدنی نیرو‌های سپاه و بسیج و ارتش در این عملیات، الگویی برای سایر عملیات‌های دوران دفاع مقدس در ۷ سال بعد از آن شد و چهارم آنکه اگر این عملیات انجام نمی‌شد ممکن بود دشمن استحکامات بیشتری را در این منطقه ایجاد کند و در جبهه‌های دیگر نیز پیشروی‌های گسترده‌تری را به دست آورد که در این صورت انجام عملیات ثامن‌الائمه و شکست حصر آبادان، به لحاظ عملی «غیرممکن» می‌شد و پنجم و مهمتر از همه آنکه این عملیات، رکود جند ماهه موفق نبودن عملیات‌های رزمندگان خودی را شکست و روحیه‌ای مضاعف به آن‌ها بخشید.

در جریان عملیات «فرمانده کل قوا خمینی روح خدا» ۱۳۰ نفر از رزمندگان ما در کنار رودخانه کارون، ۶۶ نفر در وسط کانال خط شیر و ۱۵۰ نفر در کنار جاده اهواز آبادان، به طور همزمان و با پشتیبانی و عملیات پدافندی نیرو‌های ارتش به سمت جلو حرکت می‌کردند و مناطق اشغال شده توسط دشمن را آزادسازی می‌کردند.

استعداد نیرو‌های دشمن در این عملیات به تعداد مشخص نیست، اما آنچه در اسناد آمده، نشان می‌دهد که گردان سوم زرهی عراق موسوم به «صلاح‌الدین» و تیپ ۸ مکانیزه آن‌ها به همراه نیرو‌هایی از لشکر سوم زرهی، در این عملیات با شکست مواجه شدند.

نیرو‌های سپاه از ۱۲۰ روز قبل از انجام این عملیات، به صورت شبانه و بدون جلب توجه دشمن یک کانال مبتکرانه و بسیار جالب را به طول یک هزار و ۳۰۰ متر و به شکل حرف «T» در نزدیکی نیرو‌های عراقی حفر کرده بودند که انتهای این کانال به میدان مین و جلوی خاکریز و خط آتش دشمن وصل می‌شد.

عملیات با فرماندهی سردار سرلشکر «سید یحیی صفوی»، شهید «حسن باقری» و سرلشکر «غلامعلی رشید» راس ساعت ۳:۳۰ بامداد ۲۱ خرداد آغاز می‌شود و بلافاصله مواضع مستحکم گردان ۳ تیپ مکانیزه لشکر ۳ زرهی به تصرف رزمندگان اسلام در می‌آید. به فاصله چند ساعت بسیاری از نیرو‌های دشمن و فرماندهان آن‌ها که به شدت غافلگیر شده بودند، یا کشته و زخمی می‌شوند یا به اسارت درمی‌آیند. پرچم «لا اله الا الله» نیرو‌های سپاه و بسیج نیز بر فراز تپه‌ای که تا چند ساعت قبل در اشغال دشمن بود، به اهتزاز در می‌آید.

ساعت ۸ صبح و به فاصله ۵ ساعت از آغاز عملیات، دشمن اولین پاتک خود را جهت تصرف مواضع از دست رفته‌اش آغاز کرد که البته ناموفق بود. سپس دشمن تصمیم گرفت نیرو‌های جدید و تازه نفس را وارد منطقه کند؛ بدین ترتیب گردان ۸ تیپ ۳۳ نیروی مخصوصی را که در خرمشهر بود و تیپ ۱۹ پیاده لشکر ۷ خود را که در دهلران بود سریعاً به منطقه اعزام کرد که البته همه آن‌ها با تلفات سنگینی مواجه شدند و موفقیتی به دست نیاوردند.

با روشن شدن هوا، هوانیروز ارتش نیز وارد عمل شده و به شکار تانک‌های دشمن می‌پردازد که این اتفاق روحیه رزمندگان را به شدت افزایش می‌دهد.

آزادسازی ۳ کیلومتر مربع از خاک کشورمان و عقب راندن دشمن به غرب کارون، مهمترین دستاورد عملیات «فرمانده کل قوا خمینی روح خدا» بود. این عملیات با کشته و زخمی شدن یک هزار و ۲۵۰ نفر از نیرو‌های دشمن و به اسارت گرفتن ۲۴۶ نفر از آن‌ها همراه بود؛ البته ۱۱۰ نفر از نیرو‌های سپاه و بسیج نیز در جریان این عملیات به شهادت رسیدند و ۳۰ نفر نیز مجروح شدند.

همچنین علاوه بر انهدام ۳۳ دستگاه تانک و نفربر و همچنین یک هلی‌کوپتر دشمن، چندین دستگاه خمپاره‌انداز ۶۰، ۸۰ و ۱۲۰ میلی‌متری و نفربر‌های سالم «پی - ام - پی یک» عراقی و چندین دستگاه موشک‌انداز ضد تانک «تاو» نیز به غنیمت گرفته شدند.